中央人民政府决定将澳门特别行政区海域面积明确为85平方公里，同时，将澳门特别行政区与广东省珠海市边界之间的关闸澳门边检大楼段，即澳门特别行政区关闸以北至珠海边防检查站原旗楼之间用于兴建澳门特别行政区新边检大楼配套设施的地段，划归澳门特别行政区管辖。行政区域调整后，澳门特别行政区的行政区域界线包括陆地和海上两部分。
陆地部分包括澳门半岛、氹仔岛和路环岛，与广东省陆界相连，界线包括：一是关闸澳门边检大楼段，即以关闸澳门边检大楼北侧界线作为区域界线。二是关闸澳门边检大楼西侧鸭涌河段，其中，从关闸澳门边检大楼地段西侧与鸭涌河澳门一侧堤岸交汇处起，沿鸭涌河至规划的粤澳新通道（青茂口岸）珠海出入境大厅西南侧边线与鸭涌河澳门一侧堤岸交汇处止，以鸭涌河澳门一侧堤岸为界；鸭涌河其余河段以河道中心线为界。
海上部分将过去的习惯水域管理范围明确确定为海域面积85平方公里。界线包括：一是内港段，即内港锚地以及内港航道北段。二是路氹航道段，即路氹航道（规划）东边界。三是澳门南部海域段，即横琴岛大窝山最南端所处纬线以北海域。四是澳门东部海域段，即以九洲港航道西侧、崖13－1天然气管道西侧及澳门已开展管理活动的海域边界为界。五是港珠澳大桥珠澳口岸人工岛段。六是澳门北部海域段，以等距离线法划定两地界线。
